Alimini Grande, generato dalla continua erosione del mare, si estende in lunghezza per circa 2,5 Km ed è profondo circa 4 metri. Il bacino del lago salentino è quasi completamente circondato da una parete rocciosa ricoperta da una vasta vegetazione composta principalmente da pinete e dalla tipica Macchia Mediterranea. Il tratto denominato Palude Traguano è basso, sabbioso e attraversato da numerose sorgenti, tra cui la principale chiamata Zudrea che alimenta il lago insieme al mare. Questa confluenza rende la percentuale di salinità del lago, i cui fondali sono ricchi di molluschi, simile a quella del mare.

Alimini Piccolo (chiamato anche Fontanelle), generato da diverse sorgenti d'acqua dolce, è contraddistinto dalle sue sponde pianeggianti. Si estende per circa 2 km ed è profondo non più di un metro e mezzo. Viene alimentato dalla falda freatica del Canale Rio Grande, a sua volta generata da numerose sorgenti. Le acque del lago, quasi sempre dolci, tendono ad aumentare la propria salinità durante la stagione estiva in concomitanza con il fenomeno di evaporazione delle acque.

L'indubbia bellezza paesaggistica, la vegetazione ricchissima che permette di ammirare varie specie di piante rarissime e la presenza di numerosi animali - tra cui folaghe e moriglioni - fanno dela località salentina dei Laghi Alimini uno dei luoghi naturali più pregiati e ammirati dell'intera penisola salentina.