Reperti risalenti al Neolitico, al Paleolitico e anche all'età del Bronzo ritrovati nella Caverna della Madonna della Grotta - in cui sono visibili anche iscrizioni attribuibili al periodo bizantino - farebbero risalire la presenza dell'uomo fin dai tempi più remoti in quello che oggi è il territorio appartenente al comune di Acquarica del Capo .
Diverse sono, invece, le ipotesi per quanto riguarda le origini del centro: alcuni ritengono che la nascita della località di Acquarica del Capo sia stata favorita, già nel IV secolo d.C., dall'abbondanza d'acqua del territorio.
Lo stemma civico del comune del Basso Salento è, infatti, una fontana d'oro dalla quale s'innalza un lungo zampillo d'acqua.
Un'altra ipotesi, considerata più attendibile, è quella secondo cui il centro si sia sviluppato nelle vicinanze di tre casali che oggi non esistono più: Cardigliano, Ceciovizzo e Pompigliano.

A Ceciovizzo, situato a 1 km dal centro abitato e attualmente denominato Gelsorizzo, il feudatario Fabrizio Guarino eresse nel 1550 le torre colombaia in cui è presente l'iscrizione latina "Fabrizio fece costruire questa colombaia per sè e per i suoi amici Anno 1550". Acquistato da Guarino nel 1545, il casale non era considerato fortezza già nel 1615, anno in cui veniva menzionato nei rogiti come semplice feudo.
Cardigliano era situato a Nord-Ovest, ad una distanza di circa 4 km rispetto ad Acquarica.
Pompignano, che si trovava più lontana dal casale, fu invasa e distrutta dai feroci saccheggi operati dai Saraceni nel periodo che va dal IX-XI secolo. I profughi, che tentarono di rigugiarsi nell'entroterra, giunti nel sito di Acquarica si accorsero subito dell'abbondanza d'acqua e si fermarono. 
Una volta caduti Ceciovizzo e Cardigliano, anche gli abitanti degli altri casali si trasferì ad Acquarica.

Prima dell'attuale denominazione, Acquarica era contrassegnata con l'aggiunta "De Lama", voce che in latino significa "Laguna", "ristagno d'acqua". Una "vora", un profondo baratro,  ha in seguito assorbito le acque provocando l'inaridimento della zona.
Il nome fu in seguito cambiato in Centellas, dal cognome del feudatario che ne era il padrone nel 1669.
Dopo questo breve dominio, riprese la denominazione di Acquarica con l'aggiunta "Del Capo", per distinguersi dall'omonima frazione situata nel circondario di Lecce.